Nástrojem pro naplňování záměrů Národní RIS3 strategie i jejich krajských součástí jsou vyhlášené výzvy operačních programů a veřejné soutěže národních programů podpory. Ve spolupráci národního a krajských RIS3 týmů a řídicích orgánů (ŘO) programů podporujících svým věcným zaměřením Národní a krajské RIS3 strategie jsou výzvy a veřejné soutěže zacíleny na podporu priorit orientovaného a aplikovaného výzkumu a inovací stanovených v RIS3 strategiích. V praxi se pak projekty realizované na základě úspěchu ve vyhlášených výzvách a veřejných soutěžích zaměřují na podporu horizontální cílů, domén specializace a témat VaVaI definovaných v Národní a krajských RIS3 strategiích.
Alokace finanční podpory vyčleněné na podporu priorit RIS3 strategií v operačních programech jsou vyčísleny v Příloze 3 Národní RIS3 strategie. Výše přičleněných finančních prostředků je orientační, přestože byla ověřena u příslušných řídicích orgánů. Indikativní návrh financování Národní RIS3 strategie vychází ze zkušeností z její implementace v programovém období 2014-2020 a z předpokládaných alokací operačních programů pro programové období 2021-2027. Alokace jsou postupně upřesňovány.
Kromě operačních programů spolufinancovaných ze zdrojů EU jsou na podporu priorit RIS3 strategií navázány i některé národní programy podpory včetně relevantních rezortních programů ČR, u kterých došlo k postupné identifikaci inovativních prvků odpovídajících Národní RIS3 strategii. Jedná se o vyčleněné národní programy podpory řízené TA ČR a rezortní programy, jejichž orientační alokace jsou uvedeny rovněž v Příloze 3 Národní RIS3 strategie. Indikativní návrh financování RIS3 strategie z národních zdrojů vychází ze zkušeností při implementaci RIS3 strategií v ČR a z předpokládaných alokací národních prostředků schválených Vládou ČR pro období 2021-2027. Strategie počítá též se zapojením prostředků ze soukromých zdrojů zejména prostřednictvím kofinancování projektů, ale předpokládá se, že zapojení soukromých zdrojů bude podpořeno prostřednictvím procesu EDP.
