Horizontální priority reagují na nutnost řešení průřezových problémů systému výzkumu a inovací kjako celku. Specifikují klíčové oblasti změn, v nichž musí ČR dosáhnout významných posunů, aby bylo možné rozvíjet silné stránky, znalosti a inovační potenciál země. V rámci horizontálních priorit jsou definovány horizontální strategické a specifické cíle Národní RIS3 strategie, které jsou zaměřeny na zvýšení inovační výkonnosti firem, kvality veřejného výzkumu, dostupnosti kvalifikovaných lidí pro VaVaI a využití nových technologií a digitalizace. V rovině horizontálních priorit je Národní RIS3 strategie úzce provázána s nadřazenými strategiemi, přičemž inkorporuje některá opatření realizovaná jinými strategickými dokumenty (zejména Národní politikou VaVaI).
