Nástrojem pro naplňování záměrů Národní RIS3 strategie i jejich krajských součástí jsou vyhlášené výzvy operačních programů a výzvy / veřejné soutěže národních programů podpory a relevantních rezortních programů ČR. Ve spolupráci národního a krajských RIS3 týmů a řídicích orgánů (ŘO) programů podporujících svým věcným zaměřením Národní a krajské RIS3 strategie jsou výzvy a veřejné soutěže zacíleny na podporu priorit orientovaného a aplikovaného výzkumu a inovací stanovených v RIS3 strategiích. V praxi se pak projekty realizované na základě úspěchu ve vyhlášených výzvách a veřejných soutěžích zaměřují na podporu horizontální cílů, domén specializace a témat VaVaI definovaných v Národní a krajských RIS3 strategiích.
Alokace finanční podpory vyčleněné na podporu priorit RIS3 strategií v operačních programech jsou vyčísleny v Příloze 3 Národní RIS3 strategie. Výše přičleněných finančních prostředků je orientační, přestože byla ověřena u příslušných řídicích orgánů. Indikativní návrh financování Národní RIS3 strategie vychází ze zkušeností z její implementace v programovém období 2014-2020 a z předpokládaných alokací operačních programů pro programové období 2021-2027. Alokace jsou postupně upřesňovány.
Monitoring financování RIS3 strategie je nastaven tak, že zahrnuje PROJEKTOVÉ SADY pro operační a národní programy, které umožňují u všech jednotlivých projektů s vazbou na RIS3 strategii identifikovat zdroje a rozsah finanční podpory.
