Monitoring krajských RIS3 strategií je v kompetenci jednotlivých regionů. Kraje pro potřeby národní úrovně vyplňují krajské karty, ve kterých jsou zachyceny aktivity VaVaI v jednotlivých krajích – P2 Krajské karty.
Na národní úrovni je krajům také poskytována metodická podpora a v rámci monitoringu následujících národních kontextových indikátorů je zahrnuta i úroveň NUTS 3:
V02 - Hrubá přidaná hodnota podle sektorů
V03 - Produktivita práce podle sektorů (HPH/zaměstnance)
V09 - Výdaje na výzkum a vývoj v ČR (GERD)
