Národní programy nejsou pomocí číselníků přímo navázány na Národní RIS3 strategii. Nelze jednoznačně identifikovat domény specializace RIS3. V rámci monitoringu RIS3 jsou vyhodnocovány CEP obory definované v informačním systému IS VaVaI.
Celkově nejvyšší finanční podpora z národních programů s vazbou na RIS3 (viz Dashboard D1) směřovala na podporu oboru JA Elektronika a optoelektronika, elektrotechnika (1,5 mld. Kč, což představuje cca 6 % celkových nákladů). Do tohoto oboru směřuje také nejvyšší podpora ze státního rozpočtu ČR (1,4 mld. Kč, cca 6 % ze všech dotací SR). Významně jsou podpořeny také obory FD Onkologie a hematologie (1,2 mld. Kč, což představuje cca 5 % nákladů) a JQ Strojní zařízení a nástroje (1,19 mld. Kč, což představuje cca 5 % nákladů).
